港口包干费是指港口对船舶或货物提供的服务费用。抵扣港口包干费通常是指企业可以将其支付的港口包干费用作为成本进行抵减，从而减少企业的税负。

具体来说，港口包干费的抵扣方式因国家和地区而异，下面是一般情况下的抵扣方式：

1. 税前抵扣：在一些国家和地区，企业可以将支付的港口包干费用在计算应纳税所得额之前进行抵扣。这意味着企业可以从其应纳税所得额中减去支付的港口包干费用，从而降低应纳税额。

2. 税后抵扣：在另一些国家和地区，企业需要先支付港口包干费用，并在缴纳企业所得税时申请抵扣。企业将支付的港口包干费用作为成本列入企业所得税申报表中，并在计算应纳税额时予以抵减。

无论是税前抵扣还是税后抵扣，企业在进行港口包干费抵扣时通常需要提供相关发票或收据作为证明。此外，企业在抵扣港口包干费时也需要符合相关法规和规定，确保抵扣的合法性和合规性。

需要注意的是，每个国家和地区的税法和抵扣政策可能有所不同，企业在进行港口包干费抵扣时应参考当地的税法和相关规定。此外，港口包干费的抵扣也可能受到其他因素的影响，例如企业所属行业、货物种类等。因此，建议企业在进行港口包干费抵扣前咨询专业税务机构或律师以获取准确的指导和建议。